Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein có chức năng, nhiệm vụ chính như sau:

• Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ enzyme và protein;
• Tham gia đào tạo cán bộ khoa học và công nghệ thông qua việc thực hiện các nhiệm cụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ enzym và protein của phòng thí nghiệm trọng điểm;
• Giám định các kết quả phân tích, thí nghiệm, kiểm nghiệm có liên quan;
• Đăng ký hoạt động khoa học công nghệ theo quy định hiện hành của Nhà nước;
• Ký kết các hợp đồng nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, đào tạo cán bộ khoa học công nghệ, dịch vụ khoa học công nghệ, các hợp đồng kinh tế khác với các tổ chức cá nhân thuộc mọi thành phần kinh tế trong và ngoài nước về các lĩnh vực khoa học công nghệ có liên quan;
• Tham gia tuyển chọn để được chủ trì thực hiện các nhiệm vụ khoa học công nghệ của Nhà nước, của các Bộ, Ngành, địa phương có liên quan;
• Trực tiếp tiến hành hợp tác khoa học công nghệ với các tổ chức quốc tế, các tổ chức cá nhân trong và ngoài nước phù hợp với quy định hiện hành của pháp luật, kể cả việc tiếp nhận tài trợ của các tổ chức, cá nhân này.