Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein được thành lập theo Quyết định số 587/TCCB ký ngày 30/5/2003 của Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội do Trường Đại học Khoa học Tự nhiên là cơ quan chủ trì.

Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein là đơn vị nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ có tư cách pháp nhân, có tài khoản và con dấu riêng, trực thuộc và chịu sự chỉ đạo của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên về mặt hành chính, được độc lập trong việc tổ chức các hoạt động khoa học và công nghệ.